유전자 사이의 관계가 source와 target 열로 정리돼 있다면 Cytoscape에서 연결망 그림으로 바꿀 수 있습니다. Cytoscape Desktop은 생물학적 네트워크를 불러와 배치와 모양을 조정하고 이미지로 내보내는 무료 오픈소스 프로그램입니다. 공식 3.10.5 Windows 64비트 설치 파일이 제공됩니다.
이 글은 관계 표를 준비하는 방법부터 가져오기, 화면 배치, PNG 저장까지 한 작업을 이어서 설명합니다. Cytoscape가 관계의 생물학적 의미를 스스로 검증하는 것은 아니므로, 어떤 유전자와 연결을 넣을지는 신뢰할 수 있는 원자료에서 먼저 정해야 합니다.
Cytoscape 3.10.5 무료 다운로드·설치 안내
Cytoscape는 어떤 관계를 보여주나요?
Cytoscape의 노드는 유전자, 단백질, 대사물질처럼 관계를 살펴볼 대상을 뜻하고 연결선은 두 대상 사이에 입력한 관계를 뜻합니다. 공식 설명서는 표의 source와 target 열을 읽어 네트워크를 만들 수 있다고 안내합니다. 이미 만든 SIF·GraphML 같은 네트워크 파일이나 Excel 표도 지원합니다.
프로그램을 열고 네트워크를 불러오면 왼쪽 Network 패널에서 목록을, 가운데에서 실제 그림을, 아래 Table 패널에서 노드와 연결선의 열 값을 확인합니다. Style 패널은 색과 크기 등 표시 방식을 바꾸는 곳이고 Layout 메뉴는 노드의 화면 위치를 정리하는 데 씁니다. 한 장의 그림만 보는 뷰어보다 데이터와 그림을 함께 살피는 도구에 가깝습니다.
관계가 복잡하면 화면에 선이 많이 겹칠 수 있습니다. 이때 배치를 바꿔 읽기 좋게 만들 수 있지만, 배치가 새로운 연결을 발견했다는 뜻은 아닙니다. 공식 설명서도 Cytoscape가 입력된 그래프 구조를 보존하며 생물학적 의미는 데이터와 사용자의 해석에 달렸다고 설명합니다.
하나의 작업에서 여러 네트워크를 열 수도 있습니다. 왼쪽 Network 패널에서 현재 선택한 네트워크 이름을 보고 가운데 그림이 어느 데이터에 해당하는지 먼저 확인하세요. 공식 화면 예시에는 galFiltered.sif라는 샘플 네트워크가 보이지만, 이 이름은 독자가 가져온 파일 이름과 같을 필요가 없습니다. 서로 다른 실험의 관계 표를 불러왔다면 네트워크 이름과 표의 출처를 함께 적어 두어야 나중에 이미지와 원자료를 맞춰 볼 수 있습니다.
3.10.5는 공식 데스크톱 사이트와 GitHub 릴리스에 표시된 버전입니다. Windows 설치 프로그램은 64비트용이고, 공식 다른 플랫폼 안내에는 macOS와 Linux 파일도 따로 있습니다. 여기에서 다루는 파일은 Windows 64비트 설치 프로그램이므로 다른 운영체제에서는 플랫폼을 맞춰 고르세요.
Windows와 macOS 설치 경로에는 Adoptium OpenJDK Java 17이 자동 설치된다고 공식 다운로드 안내에 적혀 있습니다. 별도 ZIP 배포나 Linux 경로는 설치 조건이 다를 수 있으므로 이 설명을 모든 파일에 적용하지 마세요.
Cytoscape 3.10 설명서에 실린 네트워크 화면
공식 3.10.5 설명서의 예시 네트워크 화면입니다. 왼쪽에는 Network·Style 탭, 가운데에는 연결망, 아래에는 Node Table이 보입니다. 화면 상단의 macOS 창 장식은 Windows와 다르지만 프로그램 내부의 패널을 보여주는 이미지입니다.
Cytoscape 3.10.5 무료 다운로드·설치 안내
| 프로그램 | Cytoscape Desktop |
| 확인 버전 | 3.10.5 |
| 파일 | Cytoscape_3_10_5_windows_64bit.exe |
| 대상 | Windows 64비트 |
| 가격 | 무료 · 오픈소스 |
| 용도 | 생물학적 관계망 분석·시각화 |
Windows용 3.10.5 설치 파일을 고르세요
공식 다운로드에서 Cytoscape 3.10.5와 Windows 64bit 항목을 확인하세요. 이 안내의 파일 이름은 Cytoscape_3_10_5_windows_64bit.exe입니다. GitHub 공식 릴리스 자산으로 제공되며, 다른 버전의 ZIP이나 macOS 파일과 이름이 비슷하더라도 바꿔 설치하면 안 됩니다.
먼저 Windows 설정에서 시스템 종류가 64비트인지 확인하세요. Windows 설치 프로그램에는 필요한 Adoptium OpenJDK Java 17을 자동으로 설치한다는 공식 안내가 있습니다. 설치 과정에서 Java 관련 단계가 보이면 출처와 버전 설명을 읽고, 이미 다른 Java를 쓰는 작업 환경이라면 기존 설정과 충돌하지 않는지도 살펴보세요.
다운로드가 끝나면 파일 이름과 버전을 다시 비교하세요. 공식 웹사이트나 릴리스에서 나온 파일인지 알 수 없는 별도 재배포본은 기준으로 삼지 마세요. 파일 이름이 예상과 다르거나 저장이 중간에 멈췄다면 곧바로 열지 말고 공식 릴리스에서 Windows 파일을 다시 확인하세요.
- Windows 설정에서 운영체제 종류가 64비트인지 확인합니다.
- 공식 3.10.5 Windows 설치 프로그램의 파일 이름을 확인합니다.
- 파일을 저장하고 설치한 뒤 Cytoscape의 시작 화면이 열리는지 확인합니다.
source와 target 열로 관계 표를 준비하세요
두 유전자의 관계가 한 줄에 하나씩 들어 있는 표부터 준비하세요. 최소한 출발 대상을 적은 source 열과 연결될 대상을 적은 target 열이 필요합니다. 예를 들어 A와 B가 연결되어 있다면 A를 source, B를 target에 적습니다. 관계의 종류가 있으면 별도의 interaction 열에 넣을 수 있지만 필수는 아닙니다.
표를 CSV 같은 구분된 텍스트나 Excel 파일로 저장할 수 있습니다. 열 이름과 실제 값이 섞이지 않게 첫 행을 정리하고, 한 열에 여러 식별자가 합쳐지지 않았는지 확인하세요. 공식 설명서는 두 열 이상이 있어야 연결선을 만들 수 있으며, 한 열만 선택하면 노드만 있는 네트워크가 된다고 설명합니다.
유전자 이름이 중복되거나 서로 다른 표기법이 섞이면 같은 대상을 다른 노드로 받아들일 수 있습니다. 원자료의 식별자 체계를 먼저 통일하고 출처를 기록해 두세요. Cytoscape에서 그림이 나왔다고 해서 관계 자체가 검증되는 것은 아니므로, 분석 전에는 데이터가 어떤 실험 또는 데이터베이스에서 왔는지 확인해야 합니다.
표에 숫자 열이 있다면 그 값의 단위와 의미도 먼저 정리하세요. 예를 들어 관계를 측정한 점수인지 단순한 관측 횟수인지에 따라 해석이 달라집니다. Cytoscape는 표의 추가 열을 연결선 속성으로 가져올 수 있지만, 값이 있다는 이유만으로 자동으로 굵기나 색에 반영하지는 않습니다. 먼저 작은 표로 노드와 선이 맞게 만들어지는지 확인하고, 그다음 필요한 열만 시각화에 활용하는 순서가 오류를 찾기 쉽습니다.
표를 불러와 배치를 정리하고 PNG로 저장하세요
Cytoscape에서 File → Import → Network from File을 선택하고 준비한 표를 엽니다. 가져오기 창의 미리보기에서 구분자가 맞아 열이 제대로 나뉘는지 확인하세요. source와 target으로 사용할 열을 지정한 뒤 확인하면 왼쪽 Network 목록과 가운데 네트워크 보기에 노드와 선이 생깁니다.
가져온 뒤 아래쪽 Node Table과 Edge Table을 보면 실제로 어떤 식별자가 들어왔는지 확인할 수 있습니다. 가운데 그림의 연결선이 너무 얽히면 Layout 메뉴에서 배치 방법을 바꾸세요. Style 패널에서는 노드 크기와 색 등 표시 방식을 조정할 수 있습니다. 데이터 값을 시각 요소에 연결할 때는 범례와 기준도 함께 정리해야 다른 사람이 그림을 오해하지 않습니다.
편집을 계속할 예정이라면 File → Save로 세션을 먼저 저장하세요. 발표 자료나 문서에 넣을 그림이 필요할 때는 File → Export Network to Image에서 PNG를 선택합니다. 공식 설명서는 PNG 외에도 JPEG, PDF, SVG 등을 지원한다고 안내합니다. PNG 그림은 나중에 노드나 표를 다시 수정하는 세션 파일과 역할이 다르므로 둘 다 보관하는 편이 좋습니다.
저장한 PNG를 열어 노드 이름이 겹치지 않는지, 화면 가장자리의 연결이 잘리지 않았는지 확인하세요. 논문이나 보고서용이라면 데이터 출처와 색·크기의 뜻을 캡션에 적고, 네트워크에서 관찰한 배치만으로 새로운 상호작용을 주장하지 마세요.
네트워크가 여러 개라면 내보내기 전에 왼쪽 목록에서 원하는 이름을 다시 선택하세요. 화면에 보이는 노드가 너무 작으면 먼저 보기를 확대하고 필요한 부분을 정리한 다음 이미지를 만듭니다. 색을 다르게 지정했다면 그 색이 어떤 열의 어떤 값에 대응하는지도 적어 두세요. 그렇지 않으면 같은 그림을 본 사람이 강조된 노드를 중요도나 신뢰도의 표시로 잘못 받아들일 수 있습니다.
- File → Import → Network from File에서 표를 열고 source·target 열을 지정합니다.
- Network·Table 패널에서 노드와 연결선이 입력한 표와 맞는지 확인합니다.
- Layout과 Style을 조정하고 세션을 저장한 뒤 File → Export Network to Image에서 PNG를 저장합니다.
노드나 연결선이 예상과 다를 때
노드만 생기고 선이 보이지 않는다면 가져오기 창에서 target 열이 실제 대상 열로 지정됐는지 확인하세요. 두 열이 하나로 합쳐져 보일 때는 CSV 구분자 설정을 고쳐 미리보기를 다시 봅니다. 관계 표에 빈 셀이 있거나 첫 행을 데이터로 읽었다면 원본 표를 수정한 뒤 다시 가져오는 편이 정확합니다.
노드가 지나치게 몰려 글자가 겹치면 관계가 잘못됐다고 단정하지 말고 Layout을 바꾸고 확대해 보세요. 특정 노드가 중복된 듯 보이면 Node Table에서 이름·식별자 열을 비교합니다. 원본의 서로 다른 표기법을 통일해야 할 수도 있습니다.
가져온 그림과 저장한 이미지가 다르게 보이면 내보내기 전에 현재 활성화된 네트워크와 보기 상태를 확인하세요. PNG만으로는 후속 편집이 어려우므로 세션도 저장해 두면 배치를 다시 바꿀 수 있습니다. 프로그램 자체가 시작되지 않으면 Windows 64비트 여부와 Java 17 관련 설치 안내를 먼저 점검하세요.
가져오기 창에서 한글 유전자 설명이나 메모가 깨져 보이면 화면의 배치 문제로 단정하지 마세요. 원본 파일을 다른 인코딩으로 저장했거나 구분자가 잘못 지정됐을 수 있습니다. 처음부터 큰 표 전체를 반복해 열기보다 문제가 난 두세 행만 별도의 작은 표로 만들어 열 이름, 값, 구분자를 확인하면 원인을 좁히기 쉽습니다. 수정 전 원자료를 복사해 두면 값을 바꾸는 과정에서 관계 자체가 달라지는 일을 막을 수 있습니다.
자주 묻는 질문
Cytoscape 3.10.5는 무료인가요?
네. 공식 데스크톱 사이트는 무료 오픈소스 프로그램으로 소개하고 Windows 64비트 설치 파일을 제공합니다.
유전자 관계를 자동으로 찾아주나요?
아니요. 입력한 관계를 네트워크로 보여주고 분석·시각화합니다. 어떤 연결이 타당한지는 원자료와 분석 목적에 따라 확인해야 합니다.
CSV 파일을 바로 불러올 수 있나요?
네. 공식 설명서는 구분된 텍스트와 Excel 표를 지원합니다. 가져오기 창에서 source·target 열과 구분자를 확인하세요.
Java를 먼저 설치해야 하나요?
공식 Windows 설치 프로그램 안내에는 Adoptium OpenJDK Java 17 자동 설치가 적혀 있습니다. 다른 배포 형식은 조건이 다를 수 있습니다.
그림과 작업 파일은 어떻게 다르나요?
PNG는 공유용 이미지이고 Cytoscape 세션은 노드·표와 배치를 다시 열어 수정할 때 쓰는 작업 파일입니다.
관계 표를 확인한 뒤 그림과 세션을 함께 남기세요
Cytoscape 3.10.5에서는 source·target 관계 표를 가져와 왼쪽 목록, 가운데 네트워크, 아래 표를 함께 보며 연결을 확인할 수 있습니다. 배치와 스타일을 조정한 다음 PNG로 저장하면 보고서나 발표 자료에 쓸 그림을 만들 수 있습니다.
그림만 저장하면 입력 데이터와 배치를 다시 손보기 어려우므로 세션도 함께 보관하세요. 결과를 설명할 때는 관계의 출처와 표시 기준을 적어 네트워크의 모양이 분석의 근거를 대신하지 않도록 해야 합니다.
공식 자료와 확인일
Cytoscape Desktop 공식 소개·무료 범위 · Cytoscape 플랫폼별 설치 파일과 Java 조건 · Cytoscape 3.10.5 공식 릴리스 · Cytoscape 3.10.5 관계 표 가져오기 · Cytoscape 3.10.5 화면과 내보내기 · Cytoscape 지원 네트워크 파일 형식 | 2026-10-15
Cytoscape 3.10.5 무료 다운로드·설치 안내
