현미경 사진에서 세포를 세어야 한다면 QuPath로 이미지를 열고 분석할 영역을 표시한 뒤 세포 검출을 실행할 수 있습니다. QuPath 0.7.0은 공식 사이트와 GitHub 릴리스에서 무료로 제공됩니다. 64비트 Windows에서는 QuPath-v0.7.0-Windows.msi 설치 파일을 선택하세요. 이 글은 한 장의 이미지에서 관심 영역을 그려 검출 결과와 측정 표를 확인하는 순서를 설명합니다.
화면에 나타난 검출 객체 수는 선택한 영역과 설정에 따라 달라집니다. 먼저 작은 영역에서 결과가 실제 세포의 윤곽과 잘 맞는지 확인한 뒤 범위를 넓히는 편이 좋습니다. QuPath 공식 사이트도 이 프로그램이 임상 진단이나 치료 목적으로 만들어진 것은 아니라고 밝힙니다.
사진 전체보다 관심 영역을 먼저 표시합니다
QuPath에서는 이미지 위에 사람이 직접 그린 큰 영역을 annotation, 프로그램이 찾아낸 세포 같은 작은 객체를 detection이라고 부릅니다. 이 둘을 구분하면 숫자가 왜 달라졌는지 이해하기 쉽습니다. 사각형이나 다각형으로 범위를 그린 뒤 세포 검출을 실행하면 그 영역 안의 검출 객체가 화면에 표시됩니다.
공식 첫 단계 설명은 File → Open…으로 이미지를 열고 실제 촬영 방식에 맞는 Image type을 고르도록 안내합니다. 밝은 시야와 형광 이미지는 처리 방식이 다를 수 있으므로 자동 추정 결과만 믿지 말고 원본 이미지와 맞는지 확인하세요. 면적처럼 길이 단위가 필요한 측정에서는 Image 탭의 Pixel width와 Pixel height도 원본 메타데이터와 대조해야 합니다.
검출 후에는 Table 도구로 detections 측정 표를 열어 행과 수치, 원본 이미지의 표시 위치를 함께 살펴볼 수 있습니다. 한 이미지의 결과를 내보내려면 표에서 Save를 선택하세요. 여러 이미지의 측정값을 합칠 때는 별도의 Measure → Export measurements 기능을 쓰는 것이 공식 문서의 권장 경로입니다.
공식 튜토리얼의 이미지 열기·영역 표시·세포 검출 화면
QuPath 0.7.0 공식 첫 단계 문서의 예시 화면입니다. 현미경 슬라이드, 선택 영역, 검출 설정창, 검출 윤곽선과 측정 표가 차례로 보입니다. 이 예시 수치는 사용자의 이미지에서 얻은 결과가 아닙니다.
| 프로그램 | QuPath · 현미경/생체 이미지 분석 |
| 무료 범위 | 공식 Windows MSI 무료 · GPL 오픈소스 |
| Windows 파일 | QuPath-v0.7.0-Windows.msi · 64비트 |
| 작업 결과 | 관심 영역 안의 검출 객체와 측정 표 · .qpdata 저장 |
64비트 Windows 파일을 고르고 이미지를 엽니다
공식 릴리스의 Windows 항목에는 MSI 설치 프로그램과 휴대용 ZIP 두 가지가 있습니다. 보통 시작 메뉴에 설치해서 쓰려면 QuPath-v0.7.0-Windows.msi를 고릅니다. 이 글의 공식 파일 버튼도 MSI 하나를 가리킵니다. ZIP은 압축을 풀어 사용하는 별도 형태이며, 32비트 Windows는 지원하지 않습니다. macOS와 Linux 파일을 Windows용이라고 바꿔 받지 마세요.
QuPath를 연 다음 File → Open…에서 현미경 이미지를 선택하거나 파일을 프로그램 창에 끌어다 놓습니다. 공식 튜토리얼은 큰 슬라이드 이미지인 CMU-1.svs를 예로 듭니다. 파일이 열리면 Image type을 실제 촬영 방식에 가까운 값으로 맞추세요. 예를 들어 밝은 시야 이미지와 형광 이미지를 같은 유형으로 처리하면 이후 명령의 결과가 기대와 다를 수 있습니다.
왼쪽 Analysis 패널의 Image 탭에서는 이미지 유형과 Pixel width·height 등을 볼 수 있습니다. 픽셀 크기가 원본 파일에 없거나 잘못 기록돼 있다면 길이와 면적 측정값도 달라질 수 있습니다. 보정값을 알 때만 수정하세요. 우선 한 장에서 잘 보이는 영역을 고르고 확대·이동으로 세포 윤곽을 살펴보면 검출 조건을 잡기가 수월합니다.
이미지가 처음에는 작게 보인다면 마우스 휠로 확대하고 Move 도구로 화면을 옮기세요. 이 단계에서 이미지가 화면에 보이는 것과 세포가 검출된 것은 다릅니다. 분석할 영역을 고른 뒤 명령을 실행해야 결과 객체가 생깁니다.
- 공식 v0.7.0 릴리스에서 64비트 Windows MSI 파일 이름을 확인합니다.
- QuPath의 File → Open…으로 이미지 한 장을 열고 Image type을 확인합니다.
- Image 탭의 픽셀 크기 정보와 실제 원본 메타데이터를 필요에 따라 대조합니다.
작은 영역을 그려 세포 검출을 실행합니다
툴바의 Rectangle 도구로 세포가 잘 보이는 작은 범위를 드래그하세요. 경계가 불규칙하면 Polygon 도구로 꼭짓점을 찍고 마지막 점에서 두 번 눌러 영역을 닫을 수 있습니다. 처음부터 이미지 전체를 지정하면 실행 시간이 길고 설정이 맞지 않을 때 어디서 틀어졌는지 보기 어렵습니다. 공식 설명도 처음에는 약 100개 세포가 들어갈 정도의 작은 영역을 권합니다.
선택한 annotation이 노란색 테두리로 보이는지 확인한 다음 Analyze → Cell detection → Cell detection을 엽니다. 처음에는 기본 설정으로 시작할 수 있지만, 검사하려는 사진에 따라 핵 크기·검출 경계와 같은 값은 조정이 필요할 수 있습니다. 대화상자 아래의 Run을 누르면 지정한 영역 안에 감지된 세포 윤곽이 표시됩니다.
선택 영역과 검출 객체를 혼동하지 마세요. 사각형 테두리 하나는 검사 범위이고, 그 안의 작은 윤곽 하나하나가 검출 객체입니다. 감지된 점이 세포가 아닌 얼룩이나 조직 틈에 몰려 있다면 그 숫자를 그대로 최종 세포 수라고 적지 않는 편이 좋습니다. 작은 시험 영역에서 표시를 확인하고 매개변수를 바꿔 다시 비교하세요.
화면에서 윤곽선이 사라진 것처럼 보인다면 먼저 툴바의 detection 표시 버튼 또는 단축키 D를 확인하세요. 표시를 끈 경우 분석 결과는 있어도 화면에는 보이지 않습니다. 확대율이 너무 낮으면 작은 검출선들이 겹쳐 보일 수 있으므로 확대해 확인하는 것도 필요합니다.
- Rectangle 또는 Polygon으로 세포가 보이는 작은 annotation을 만듭니다.
- Analyze → Cell detection → Cell detection에서 설정을 확인하고 Run을 누릅니다.
- 윤곽선이 실제 세포와 맞는지 확대해서 확인하고, 표시가 없으면 detection 표시를 점검합니다.
측정 표에서 결과를 보고 파일로 남깁니다
검출이 끝나면 툴바의 Table 도구를 눌러 detections를 선택하세요. 공식 첫 단계 문서의 예시처럼 세포 검출 객체별 측정값이 행으로 나타납니다. 표의 행은 현재 이미지에서 얻은 객체를 살펴보는 출발점이며, 선택한 annotation이나 이미지 전체를 어떻게 포함했는지 확인한 뒤 수를 해석해야 합니다. 표에서 행을 고르면 이미지의 대응 위치를 찾아 검토할 수 있습니다.
한 장의 이미지만 정리한다면 측정 표에서 Save를 눌러 결과 파일 이름을 정하세요. 공식 첫 단계 문서는 표를 CSV로 내보내거나 복사할 수 있다고 설명하고, 별도의 측정값 내보내기 문서는 표의 Save가 텍스트 파일을 만든다고 안내합니다. 실제 저장 대화상자의 형식과 구분자를 보고 분석 도구가 읽을 수 있는 방식으로 고르세요.
여러 이미지에서 같은 종류의 세포 측정값을 모으려면 프로젝트에 이미지를 넣고 Measure → Export measurements를 사용하세요. 여기서는 출력 경로, Export type, Separator와 필요한 열을 지정할 수 있습니다. 프로젝트를 사용하지 않은 한 장짜리 작업이라면 먼저 현재 측정 표를 저장하는 편이 간단합니다.
분석 표시와 설정을 나중에 다시 보려면 File → Save As…로 .qpdata 파일도 저장하세요. 이 파일은 거대한 원본 이미지를 통째로 담는 복사본이 아니라 원본 이미지로 가는 연결을 포함합니다. 원본 사진을 다른 위치로 옮기면 다시 열 때 경로를 찾아야 할 수 있으니 이미지와 분석 파일의 위치를 함께 관리하세요.
- Table 도구에서 detections 측정 표를 열고 이미지의 검출 윤곽과 대조합니다.
- 표에서 Save를 눌러 한 이미지의 결과를 저장하고, 여러 이미지는 Measure → Export measurements를 사용합니다.
- File → Save As…로 .qpdata를 저장하고 원본 이미지 위치도 유지합니다.
설치 경고와 결과가 맞지 않을 때 확인합니다
공식 설치 문서는 QuPath가 현재 서명된 앱이 아니어서 Windows에서 처음 설치할 때 보안 경고가 나올 수 있다고 설명합니다. 경고가 보인다는 이유만으로 출처가 틀렸다고 단정할 수는 없지만, 곧바로 보안 기능을 끄거나 예외를 만들지 마세요. 받은 파일이 공식 QuPath GitHub v0.7.0 릴리스의 Windows MSI인지 다시 확인하고 회사·학교 PC에서는 관리 정책을 따르세요.
MSI 설치가 시작되지 않으면 Windows가 64비트인지, 다운로드가 끝났는지, 설치 권한이 있는지 살핍니다. 관리자 권한이 없는 PC에서는 공식 ZIP 형태를 사용할 수 있다는 설명도 있습니다. ZIP은 파일을 압축 폴더 안에서 바로 실행하는 방식이 아니므로 해당 형태를 선택했다면 전체를 풀어야 합니다. 이 글의 공식 버튼은 MSI이므로 ZIP을 받으려면 같은 공식 릴리스의 별도 ZIP 항목을 고르세요.
셀 검출 결과가 비어 있으면 이미지를 열기만 하고 annotation을 만들지 않았는지, 대상 영역이 선택돼 있는지, 감지 객체 표시가 꺼져 있는지를 차례로 확인하세요. 값이 너무 많거나 적으면 이미지 유형과 작은 시험 영역의 윤곽을 살핀 뒤 검출 매개변수를 조정합니다. 단순히 숫자를 원하는 값에 맞추기 위해 설정을 바꾸지 말고 원본 이미지에서 맞는지 확인해야 합니다.
저장한 .qpdata를 다시 열 때 이미지가 없다는 안내가 나오면 원본 현미경 파일이 이동했는지 확인하세요. QuPath 분석 파일은 원본 슬라이드를 내장하지 않으므로 이미지 위치가 바뀌면 새 경로를 선택해야 할 수 있습니다. 측정 표 파일과 .qpdata도 서로 다른 결과물이니 둘 중 필요한 것을 각각 저장했는지 확인하는 편이 안전합니다.
- 설치 경고에서는 공식 릴리스 주소·MSI 파일명·관리 PC 정책을 확인합니다.
- 검출 결과가 비면 annotation 선택, 표시 토글, 이미지 유형을 차례로 살핍니다.
- .qpdata가 원본 사진을 찾지 못하면 사진 파일의 이동 여부를 확인합니다.
자주 묻는 질문
QuPath 0.7.0은 무료인가요?
네. 공식 사이트는 GPL 오픈소스 프로그램으로 안내하며 Windows MSI 파일을 결제 없이 제공합니다.
32비트 Windows에도 설치할 수 있나요?
아니요. 공식 설치 문서는 64비트 Windows가 필요하다고 명시합니다.
사진을 열기만 하면 세포 수가 나오나요?
아니요. 관심 영역을 그린 뒤 Analyze → Cell detection → Cell detection을 실행하고 결과 윤곽을 확인해야 합니다.
검출된 세포가 화면에 보이지 않으면 어떻게 하나요?
툴바의 detection 표시 상태 또는 D 단축키를 확인하고, 확대해서 선택 영역 안의 윤곽을 살펴보세요.
.qpdata에 현미경 원본 이미지도 들어 있나요?
아니요. 분석 데이터와 원본 이미지 참조를 저장하므로 원본 파일 위치도 유지해야 합니다.
영역을 정해 검출한 뒤 표와 원본 이미지를 함께 확인하세요
QuPath 0.7.0에서는 64비트 Windows용 공식 MSI로 설치한 뒤 이미지를 열고, 작은 annotation에 세포 검출을 실행할 수 있습니다. 윤곽선이 실제 세포와 맞는지 확인한 다음 측정 표를 저장하면 한 장의 이미지에서 세포를 세는 첫 작업을 마칠 수 있습니다.
연구용 이미지 분석 결과는 영역과 설정의 영향을 받습니다. 비교할 때는 같은 이미지 유형·픽셀 크기·검출 조건을 기록하고 원본 슬라이드와 .qpdata의 저장 위치를 함께 관리하세요.
공식 자료와 확인일
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